Sự chuyển biến dẫn đến sự yếu đi trông thấy của chính quyền trung ương, và trên toàn Nhật Bản, các lãnh chúa đại danh vươn lên để lấp đầy khoảng trống quyền lực đó. Trong cuộc chuyển giao quyền lực này, những gia tộc đã chuẩn bị tốt như gia tộc Takeda và gia tộc Imagawa, những người đã trở thành các thế lực cát cứ ngay cả dưới thời Mạc phủ Kamakura và Muromachi, có điều kiện mở rộng khu vực ảnh hưởng của mình. Có nhiều người, tất nhiên, dần mất quyền lực và cuối cùng bị lật đổ bởi kẻ dưới. Hiện tượng những người cấp dưới tài giỏi từ chối tuân theo đẳng cấp của mình và dùng vũ lực để lật đổ kẻ lãnh đạo bạc nhược của mình được gọi là "Hạ khắc thượng" (下克上, gekokujō).

Ví dụ đầu tiên của hiện tượng này là Hōjō Sōun, người xuất thân khiêm nhường nhưng cuối cùng đoạt lấy quyền lực ở tỉnh Izu năm 1493. Dựa trên thành quả của Sōun, gia tộc Hōjō vẫn giữ được quyền lực lớn ở vùng Kanto cho đến khi bị Toyotomi Hideyoshi chinh phục vào cuối thời kỳ Chiến quốc.

Những tổ chức tôn giáo có tổ chức tốt cũng đoạt lấy quyền lực chính trị bằng cách tập hợp nông dân khởi nghĩa và quân nổi dậy chống lại luật lệ của các daimyo. Các nhà sư của phái Tịnh độ chân tông tập hợp rất nhiều các Ikkō-ikki, là tổ chức thành công nhất, làm cho tỉnh Kaga giữ được sự độc lập gần 100 năm.